A Secretaria de Manutenção apresenta em sua estrutura organizacional o secretário na área de gestão, as diretorias das áreas finalísticas com suas respectivas coordenadorias, subcoordenadorias e respectivos setores, sendo também composta de núcleos e coordenadorias na área de suporte administrativo, além do conselho e assessorias. Integra ainda o corpo organizacional da SEMAN, uma empresa de economia mista que possui administração e regimento próprio.